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显微光谱分析系统在实验室发现和定量微小物质方面是非常有用的。例如生物学家可以分析单个细胞的成分，医生用来诊断癌症. 用显微分光光度计在观察样品的同时可以很容易得到2um大小样品的直接的光谱。这个特性就允许对样品作更为精细的测量，不受周围物质的干扰。另外，因为大多数物质、甚至无色的物质，在紫外部分的吸收能力远强于可见和红外部分，紫外显微分光光谱在任何领域进行化合物分析都是非常有用的。
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